La marcassite cristallise dans le groupe d’espace Pnnm.
Le groupe S2 forme un empilement idéalement hexagonal dans la marcassite , cubique dans la pyrite.
La disposition du fer dans les octaèdres formés par le soufre, ainsi que la déformation de ces octaèdres, réduit la symétrie à orthorhombique.
La structure de la marcassite est reliée à celle de la pyrrhotite comme la structure de la pyrite est reliée à celle de la galène.
